Trece años después, en enero de 1995, ordenaron su captura por sus vínculos con la organización de los hermanos López Paredes y el frustrado envío de 3,5 toneladas de cocaína. En aquella ocasión huyó a Estados Unidos.

Sorpresivamente, en abril de ese año, la Octava Sala Penal Superior de Lima cambió la orden de detención por la de comparecencia. Dos años después, en mayo de 1997, el juez Victoriano Quintanilla emitió una nueva orden de detención y Zevallos una vez más fugó hacia Estados Unidos.

En el 2002 el Cuarto Juzgado Anticorrupción exculpó a Zevallos; sin embargo, en junio del 2003 la Sala Penal Permanente de la Corte Suprema anuló dicha sentencia y ordenó que fuera juzgado por un tribunal superior de justicia distinto al que lo declaró inocente de la acusación del Ministerio Público por tráfico ilícito de drogas en agravio del Estado.

Ese mismo año el Comité Penal del Consejo de Defensa del Estado de Chile anunció que pediría a la Corte Suprema de dicho país que solicitara la extradición de 'Lunarejo'.

En enero del 2004 Fernando Zevallos se encontraba procesado por el delito de narcotráfico, en calidad de inculpado, por la Primera Sala Penal de Lima para Reos en Cárcel, que presidía el doctor Víctor Prado Saldarriaga. Se lo acusó de haber pertenecido a la organización internacional de los hermanos López Paredes. Sin embargo, el 21 de enero el juicio se quebró y volvió a fojas cero.

Ese mismo año, en mayo, en otro intento por amedrentar a El Comercio, entabló un nuevo juicio por la desbordada suma de 100 millones de dólares contra los directores de este Diario, Alejandro Miró Quesada Garland y Alejandro Miró Quesada Cisneros; el jefe de la Unidad de Investigación, Fernando Ampuero, y el periodista Miguel Ramírez, e hizo a la empresa tercera civilmente responsable.

Mientras tanto el Gobierno de Estados Unidos incluyó a Fernando Zevallos en la lista de los narcotraficantes más poderosos del mundo.

El cerco se iba cerrando en torno a 'Lunarejo' y el 19 de noviembre del año pasado fue detenido por narcotráfico, homicidio y corrupción. Unos días después, el 3 de diciembre, el juez Carlos Amoretti Martínez, del Primer Juzgado Penal de Maynas, dispuso la detención efectiva de Fernando Zevallos y otras diez personas, bajo diversos cargos, entre ellos tráfico ilícito de drogas y asociación ilícita para delinquir.

El 19 de diciembre fue condenado por la Primera Sala Penal para Reos en Cárcel a veinte años de prisión por los delitos de tráfico ilícito de drogas, receptación de dinero proveniente del narcotráfico y lavado de activos.